截止2009年12月31日，盐城南洋机场全年共安全保障航班2216  架次,完成旅客吞吐量161682人次，货邮吞吐量1211.8吨，同比增长36.1%、59.6%和100.4%，客货吞吐量大幅增长。

2009年初，盐城南洋机场口岸开放工作基本完成，盐城民航站适时将工作重心由口岸开放转移到了航线航班。为了充分发挥开放口岸的平台优势，盐城民航站不惜投入人力、物力，努力克服国际金融危机的影响，将航线开辟作为全年重中之重的工作来抓。从2009年1月开始，先后开通了盐城——昆明、哈尔滨和长沙航班，恢复了盐城——桂林和温州航班；4月初，开通了盐城——香港国际（地区）航班； 11月中旬，引进包机公司又开通了盐城——三亚等旅游季节性航班。全年周航班量始终保持在30班以上。

从开航初期到“十五”期末，盐城南洋机场旅客吞吐量还一直处于低速增长阶段，年均增长不到10%。进入“十一五”，旅客吞吐量陡增，年均增长高达40%以上。特别是盐城南洋机场实现口岸开放后的2009年，旅客吞吐量同比增长近60%，货邮吞吐量也实现了翻番的增长历史记录。可以预见，随着航线网络结构的不断完善，盐城南洋机场客货吞吐量的增长空间必将进一步扩大，盐城南洋机场将进入一个新的高速发展时期。